Geofyzikální pozorování mají u nás dlouhou tradici. Pravidelná geomagnetická měření byla na Astronomické observatoři v Klementinu zahájena již v roce 1839 a v letech 1843-45 bylo provedeno první magnetické mapování na území Čech. Seismická pozorování byla zahájena v Chebu v roce 1908 a gravimetrická observatoř byla otevřena v důlní šachtě v Příbrami v roce 1910. Geofyzikální výzkum byl v roce 1920 podpořen založením Státního ústavu geofyzikálního. Rychlý rozvoj geofyzikálního výzkumu a observatorní činnosti je spojen s Mezinárodním geofyzikálním rokem 1957/58. Na přelomu tisíciletí provozovalo observatoře několik pracovišť univerzit, Akademie věd i rezortního výzkumu.
V roce 2009 reagovaly tyto instituce na první výzvu vlády ČR k podávání návrhů na financování velkých infrastruktur pro výzkum, experimentální vývoj a inovace a ustavily CzechGeo/EPOS konsorcium. Národní iniciativa se časově shodovala s aktivitou evropské geovědní komunity navrhující integraci observatorních dat napříč geovědními obory a evropskými státy a ustavení Evropského observačního systému – EPOS (European Plate Observing System), zařazeným v r. 2008 do cestovní mapy evropských výzkumných infrastruktur ESFRI (European Strategic Forum for Research Infrastructures). CzechGeo/EPOS byl finančně podpořen projektem LM2010008 „CzechGeo/EPOS – Distribuovaný systém observatorních a terénních měření geofyzikálních polí v České republice – vývoj a provoz národního uzlu panevropského projektu EPOS“ na období 2010 – 2015.
V době přípravy dalšího projektu LM2015079 se k infrastruktuře připojila Česká geologická služba, neboť geologická a geofyzikální data, která tato instituce spravuje, jsou významná pro geovědní výzkum. Velké infrastruktuře CzechGeo/EPOS byla pro období 2016-19 přidělena účelová podpora projektem LM2015079. Tato podpora byla věnována hlavně na provozní výdaje infrastruktury.
Projekt CzechGeo/EPOS-Sci (CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001800) financovaný z Operačního programu Výzkum, vývoj a vzdělávání je zaměřen na dobudování a modernizaci observatoří a jejich sítí a na podporu pěti výzkumných programů s využitím modernizované výzkumné infrastruktury. Projekt byl zahájen 1.4.2017 a ukončen 31.7.2020.
V současné době je výzkumná infrastruktura financována z rozpočtu partnerských institucí.