Ústav hydrogeologie, inženýrské geologie a užité geofyziky je předním univerzitním pracovištěm v ČR v oblasti aplikované geologie. Podle zastoupených specializací se dělí na tři oddělení. Ústav má přes 22 vědecko-pedagogických pracovníků zabývajících se hydrogeologií, inženýrskou geologií, užitou geofyzikou a ochranou životního prostředí. Za více než 50 let výuky aplikované geologie na Univerzitě Karlově zde bylo vychováno více než 600 odborníků.
Výzkumná činnost ústavu zahrnuje řešení řady konkrétních projektů v oblasti problematiky podzemní vody, stavebnictví, ochrany životního prostředí, využívání přírodních zdrojů, stavby zemské kůry, horninového magnetismu, mimozemské geofyziky, indukované seismicity a výstupu přírodního CO2. Účast studentů na výzkumu ve formě samostatné práce v laboratoři či v terénu je samozřejmou součástí celého studia.
Ústav disponuje nejlépe vybavenou laboratoří mechaniky zemin v ČR, mezinárodně registrovanou radioizotopovou laboratoří pro určování stáří hornin, a dalších přírodních vzorků pomocí radiouhlíkového a tritiového datování a souborem přístrojů pro geofyzikální měření. Provozuje také síť CarbonNet pro monitorování výstupu přírodního CO2 v západních Čechách.