Ústav geoniky se podílí na řadě národních a mezinárodních projektů a spolupracuje s průmyslem. Specifické oblasti, ve kterých může ústav nabídnout své dlouholeté zkušenosti, metody a přístrojové vybavení, jsou: horninové vlastnosti a petrologie, geomechanický a geotechnický výzkum, rozpojování materiálů, analýza a zpracování obrazu, aplikovaná matematika, fyzikálně-chemické procesy v minerálech, geofyzika a speciální metody měření, výzkum bezpečnosti a environmentální geografie.
Předmětem činnosti ÚGN je vědecký výzkum motivovaný mnohostranným využitím zemské kůry, tedy výzkum geomateriálů, procesů probíhajících v zemské kůře, zvláště procesů indukovaných lidskou činností a jejich účinků na životní prostředí. V rámci výzkumu jsou rozvíjeny podpůrné disciplíny, zejména aplikovaná matematika a fyzika, chemie, environmentální a sociální geografie. Svou činností ÚGN přispívá ke zvyšování úrovně poznání a vzdělanosti a k využití výsledků vědeckého výzkumu v praxi. Získává, zpracovává a rozšiřuje vědecké informace, vydává vědecké publikace (monografie, časopisy, sborníky apod.), poskytuje vědecké posudky, stanoviska a doporučení a provádí konzultační a poradenskou činnost. Ve spolupráci s vysokými školami uskutečňuje doktorské studijní programy a vychovává vědecké pracovníky. V rámci předmětu své činnosti rozvíjí mezinárodní spolupráci, včetně organizování společného výzkumu se zahraničními partnery. Zajišťuje přijímání a vysílání stážistů, výměny vědeckých poznatků a přípravy společných publikací. Pořádá vědecká setkání, konference a semináře, včetně mezinárodních, a zajišťuje infrastrukturu pro výzkum. Úkoly realizuje samostatně, i ve spolupráci s vysokými školami a dalšími vědeckými a odbornými institucemi.